全基因组检测分析平台将疑似病例基因分析缩至半小时

CNMO 【原创】 作者:任泽宇 2020-02-02 06:56
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  【CNMO新闻】浙江省疾控中心于2月1日上线自动化的全基因组检测分析平台,浙江全基因组检测分析平台由浙江省疾病预防控制中心、阿里达摩院医疗AI团队和杰毅生物技术公司共同研发。浙江省疾控中心基因测序负责人孙逸博士介绍说,这个平台基于阿里云的强大算力与达摩院新算法可以为病毒的解析提供支撑,基于该平台,未来还可以在短时间内将检测范围覆盖整个确诊病例,也为后续疫苗与药物研发打下了坚实基础。

全基因组检测分析平台将疑似病例基因分析缩至半小时

  根据公开信息显示,新型冠状病毒全基因组序列全长29847bp,临床诊断需要将患者样本与该病毒基因序列进行比对才能确定诊断结果。目前医院普遍采用核酸检测方法,其只能检测到病毒基因的局部。由于病毒存在变异的可能性,对于整个基因序列来说这种检测方法犹如盲人摸象,一旦病毒发生变异,就可能出现漏检的情况。

全基因组检测分析平台将疑似病例基因分析缩至半小时

  新型冠状病毒肺炎疫情发生后,达摩院算法专家顾斐博士立即奔赴浙江省疾控中心,第一时间针对新型冠状病毒基因进行特征分析,并推出多个算法模型。在序列比对过程中,达摩院对算法增加了分布式设计,有效提升比对效率;在病毒序列拼接阶段使用分布式设计的de Bruijn图算法,变异病毒也能精准检测。

  自动化的全基因组检测分析平台采用不同于核酸检测方法的全基因组检测技术,对疑似病例的病毒样本进行全基因组序列分析比对,能够有效防止病毒变异产生的漏检。平台上线后,可将原来数小时的疑似病例基因分析缩短至半小时,大幅缩短确诊时间,并能精准检测出病毒的变异情况。大幅提高疑似病例的确诊速度和准确率。

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